根據(jù)國稅發(fā)[2003]年120號(hào)文件精神，加強(qiáng)增值稅一般納稅人運(yùn)輸發(fā)票抵扣管理，為方便納稅人明確管理要求，現(xiàn)將有關(guān)事項(xiàng)明確如下：
　　所謂的運(yùn)輸發(fā)票是指，（一）納稅人外購貨物（固定資產(chǎn)除外）支付運(yùn)輸費(fèi)用而取得的運(yùn)費(fèi)結(jié)算單據(jù)；（二）納稅人銷售應(yīng)稅貨物而支付運(yùn)輸費(fèi)用所取得的運(yùn)費(fèi)結(jié)算單據(jù)（《中華人民共和國增值稅暫行條例實(shí)施細(xì)則》第十二條所規(guī)定的不并入銷售額的代墊運(yùn)費(fèi)除外）。具體是指運(yùn)輸單位提供運(yùn)輸勞務(wù)自行開具的運(yùn)輸發(fā)票，運(yùn)輸單位主管地方稅務(wù)局及省級(jí)地方稅務(wù)局委托的代開發(fā)票中介機(jī)構(gòu)為運(yùn)輸單位和個(gè)人代開的運(yùn)輸發(fā)票準(zhǔn)予抵扣。其他單位代運(yùn)輸單位和個(gè)人開具的運(yùn)輸發(fā)票一律不得抵扣。
　　有關(guān)抵扣三項(xiàng)規(guī)定。
　　輸發(fā)票與營業(yè)稅納稅人開具的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票進(jìn)行比對(duì)。凡比對(duì)不符的，一律不予抵扣。對(duì)比對(duì)異常情況進(jìn)行核查，并對(duì)違反有關(guān)法律法規(guī)開具或取得貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票的單位進(jìn)行處罰。
　　2、增值稅一般納稅人在申報(bào)抵扣2003年11月1日起取得的運(yùn)輸發(fā)票增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額時(shí)，應(yīng)向主管國家稅務(wù)局填報(bào)《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》紙制文件及電子信息，未報(bào)送的其進(jìn)項(xiàng)稅額不得抵扣。
　　3、納稅人取得的2003年10月31日以后開具的運(yùn)輸發(fā)票，應(yīng)當(dāng)自開票之日起90天內(nèi)向主管國家稅務(wù)局申報(bào)抵扣，超過90天的不得予以抵扣。納稅人取得的2003年10月31日以前開具的運(yùn)輸發(fā)票，必須在2004年1月31日前抵扣完畢，逾期不再抵扣。納稅人辦理時(shí)，應(yīng)附抵扣發(fā)票清單。
　　有關(guān)運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單的要求。納稅人取得所有需計(jì)算抵扣增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的運(yùn)輸發(fā)票，應(yīng)根據(jù)相關(guān)運(yùn)輸發(fā)票逐筆填寫《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》，在進(jìn)行增值稅納稅申報(bào)時(shí)，除按現(xiàn)行規(guī)定保送申報(bào)報(bào)表資料外，還要增加報(bào)送《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》紙質(zhì)資料和電子信息，否則，其運(yùn)輸發(fā)票進(jìn)項(xiàng)稅額不得抵扣。如果納稅人未按規(guī)定要求填寫《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》或者填寫內(nèi)容不全的，該運(yùn)輸發(fā)票不得計(jì)算抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。
　　增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單信息采集軟件由國家稅務(wù)總局統(tǒng)一開發(fā)，主管國稅局免費(fèi)提供給納稅人。如果納稅人無使用信息采集軟件的條件，可委托中介機(jī)構(gòu)代為采集。
　　需要注意的是，國稅局在納稅申報(bào)期內(nèi)受理申報(bào)時(shí)，將對(duì)允許計(jì)算抵扣的運(yùn)費(fèi)金額、計(jì)算抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額進(jìn)行核對(duì)，如不一致，退納稅人重新申報(bào)。相關(guān)信息上傳后經(jīng)對(duì)比對(duì)不符的由稽查部門進(jìn)行稽查，經(jīng)查實(shí)后有問題的按有關(guān)規(guī)定進(jìn)行處理。